Когда у святилища находят мёртвого мужчину, в кармане которого обнаруживают клочок бумаги, напоминающий план здания, Дзэнигата Хэйдзи подозревает, что за убийством скрывается более крупный заговор, и берётся за расследование. Тем временем в Эдо прибывает странствующая театральная труппа. Хэйдзи привлекает внимание её главная звезда Цубамэ — обаятельная артистка, за яркой внешностью которой скрывается глубокое одиночество.

Действие разворачивается в 1989 году в таинственном особняке под названием «Дом Часов», расположенном на окраине Камакуры. После окончания аспирантуры начинающий редактор Каваминами Такааки, также известная как Конан, посещает «Дом Часов» вместе с заместителем главного редактора журнала и другими. В ночь спиритического сеанса, призванного связаться с призраком девушки, которая, как говорят, обитает в особняке, внезапно исчезает ясновидящая, и они оказываются втянутыми в ужасающую серию убийств. Тем временем Симада, дебютировавший как автор детективов под псевдонимом Сисия Кадоми, узнает о расследовании Конан и решает сам посетить Особняк Часов. Там он расследует тайну стихотворения «Тинмоку, но Мегами», оставленного владельцем особняка.