Майк Фуканага думал, что самое сложное в жизни – это терпеть шуточки его лучшего друга, балагура и весельчака Оуэна Рейнольдса и завоевывать сердце Аманды МакКей, в которую Майк давно и безнадежно влюблен. Но он ошибался! Майк узнает, что он происходит из древнего рода ниндзя, и что ему предстоит продолжить дело своих славных предков, сражаясь со злом во всех его проявлениях.

Фильм снят по мотивам популярного приключенческого анимационного сериала Бен 10, в котором рассказывается история Бена Теннисона, десятилетнего мальчика, способного с помощью чудодейственной силы инопланетных часов Омнитрикс превращаться в одного из десяти иноземных супергероев. После нахождения часов Омнитрикс Бен целое лето провел в компании своей спокойной и рассудительной кузины Гвен и дедушки Макса, то и дело превращаясь в разные инопланетные существа. Действие фильма разворачивается как раз в тот момент, когда каникулы подходят к концу и Бен возвращается в свой родной город и опять становится обычным ребенком. Однако дома уже не так спокойно как было раньше, особенно теперь, когда Эон, заклятый враг Бена из другой галактики, возвращается, чтобы вернуть себе часы и разрушить Землю. И вот теперь Бен, Гвен и дедушка Макс пытаются с помощью Омнитрикса остановить Эона и спасти мир от полного уничтожения!

Прошло 5 лет с тех пор, как Бен Тенннисон нашел инопланетные часы Омнитрикс и превратился в супер-героя. Теперь Бену 15 лет, и он обычный подросток, который давно уже не надевал Омнитрикс. Его приключения и превращения в супер-героев остались в прошлом. После победы над злым Вилгаксом Бен снял свои супер-часы и с тех пор не прибегал к их помощи. Меньше всего Бену хочется снова попасть в опасное приключение, но неожиданно он узнает, что дедушка Макс пропал. Он спешит рассказать об этом своей кузине Гвен. Бен решает снова надеть Омнитрикс и выяснить, куда исчез дедушка Макс. Бен и Гвен начинают расследование и обнаруживают, что инопланетяне снова строят коварные планы. Новая инопланетная раса хочет уничтожить жизнь не только на Земле, но и во всей Галактике.

Перед продажей родительского дома Ной и Меган, брат и сестра, решают привести его в порядок. Когда в подвале обнаруживается труп соседки, пропавшей много лет назад, они понимают, что эта находка сделает их главными лицами в местной криминальной хронике и, возможно, станет причиной потери наследства. Им не остаётся ничего другого, как решить эту проблему по-семейному, скрыв преступление родителей. Но когда появляются свидетели, которые начинают их шантажировать, новоиспечённые подельники сами встают на скользкий путь.