Незадачливый молодой аналитик разведки в Национальном контртеррористическом центре должен раскрыть террористический заговор. В процессе ему придется столкнуться не только с бюрократией, но и с излишней навязчивостью своих родственников, не понимающих важность его работы.

При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи портала, разработанного Стокманом. Ну что ж, пора черепашкам отвлечься от мелких супергеройских дел и вновь показать, на что они способны.

Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.

Меган вместе с матерью ухаживает за умирающим от рака пожилым отцом. Мать и дочь периодически ругаются, во многом не сходясь во мнениях и выясняя отношения, а когда отец умирает, у Меган появляется куда более весомый повод усомниться в правоте родительницы. Оказывается, та вызвала специалиста по воскрешению мёртвых и готовится к проведению ритуала.