Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe. После миссии в Пакистане, пока парни ждут эвакуации, по ним наносится авиаудар, а «президент» обвиняет бойцов в краже ядерной боеголовки и государственной измене. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь вступив в битву с «Коброй».