Это сериал о четырех черепашках ниндзя, которые после мутации стали превосходно обученными борцами за справедливость. История начинается с того, как господин Чанг - старый мудрый друг черепашек, хочет остановить ужаснейше злого Лорда Дракона. И планирует сделать это с помощью невероятной силы черепашек ниндзя. Но неожиданно для всех Господин Чанг смертельно заболевает и просит свою дочь Винес собрать вместе черепашек борцов, чтобы восстать против врага, спасти их друга Сплинтера и все человечество в целом. Девушка встречается с черепашками, рассказывает им о своей невероятной жизни и предлагает помочь обучиться манипуляциям в Королевстве Мечты. Команде все удается, они находят Сплинтера, но когда возвращаются, видят перед собой Лорда Дракона и его армию. Смогут ли наши герои их атаковать? Или же всему человечеству грозит опасность от злодеяний Лорда Дракона?

Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр - не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обеих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.