Действие сериала разворачивается в 2369—2375 годах на космической станции «Дальний Космос 9» , находящейся на орбите только что освобожденной от оккупации Кардассианской Империи планеты Бэйджор. Волею случая в непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Глубокий Космос 9» из фактически бесполезной станции в торговый центр. Совершенно неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора вступают войска нового врага — Доминиона. Станция «Глубокий Космос 9» под командованием Бенджамина Сиско фактически оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников…

Прошло 80 лет. Сменился экипаж, усовершенствовались технологии, сменился даже «Энтерпрайз». Но не изменились цели его команды — смело идти туда, где не ступала нога человека.

С самого основания Федерации Генеральная директива четко гласит: «Ни одна из экспедиций Звездного флота не должна вмешиваться в естественное развитие других цивилизаций». В этот раз отважному Пикарду пришлось столкнуться с приказом, нарушающим это постановление. Если капитан звездолета «Энтерпрайз» подчинится приказу, 600 безобидных обитателей планеты Ба Ку будут насильственно вывезены за пределы их прекрасного мира. Это будет сделано во имя мнимого благоденствия миллионов, которые почерпнут энергию из знаменитого Фонтана омолаживающих сил. Если же Пикард откажется выполнить приказ, то он рискует своим кораблем, карьерой и жизнью.

Посланцы враждебной инопланетной цивилизации проникают в прошлое, и первый контакт человечества с внеземным разумом, способный положить начало новой космической эры, оказывается под угрозой срыва. Перед экипажем легендарного космического корабля `Энтерпрайз` и его мужественным капитаном Пикардом стоит трудная и опасная задача — помешать осуществлению планов врага и спасти будущее Земли.

Капитан Кирк попадает в космическую воронку. 75 лет спустя потомки звёздных путешественников натыкаются на эту же самую воронку и сталкиваются с безумцем — разрушителем, мечущемся по звёздным дорожкам в поисках бессмертия. Капитан Пикард отказывается от собственного бессмертия во имя жизни будущих поколений и вступает в смертельную схватку с безумцем.

Плюшевый беспредельщик продолжает сводить с ума чопорную интеллигенцию. На этот раз говорящий медвежонок с большим эго и его длинноногая блондинка решили завести ребёнка. Там, где не постаралась природа, на помощь приходят звёздные доноры, городские сумасшедшие и верный друг Джонни. Он только что расстался с Лори и готов к новым авантюрам. Третий здесь совсем не лишний.